微生态益生菌被排出体外后，还能继续发挥作用，把水体中的残饵粪便降解为硝酸盐、磷酸盐等，为藻类提供营养物质；降解氨氮、亚硝酸盐和硫化氢等有害物质，改善养殖环境 。

　　首先，微生态饲料中增加的益生菌能够在动物的胃肠道生长繁殖微生态，消耗其中的游离氧，营造厌氧环境，促进有益的厌氧菌群的生长繁殖，从而使肠道菌群恢复平衡。

　　第一，生态位竞争

　　a. 竞争附着位点    益生菌与病原菌抢占肠道内表面，使病原菌不易在肠道上附着而被排出体外，形象地称之为“抢座位 ”。

　　b. 竞争营养物质    益生菌与病原菌抢占肠道内的营养成分微生态制剂，使病原菌因得不到足够的营养物质而生长繁殖受阻，形象地称之为“抢面包”。

　　第二，益生菌会产生抗菌素、过氧化氢和乳酸等多种抑菌成分。

　　第三，益生菌能刺激鱼虾免疫系统提高吞噬细胞活性和抗体水平微生态预混料，增强机体免疫力。

　　第四，促生长作用

　　1) 微生态益生菌本身是营养丰富的菌体蛋白；

　　2) 微生态益生菌产生鱼虾生长所需的维生素微生态预混料、有机酸、蛋白质等营养物质和未知生长因子；

　　3) 产生消化酶类，协助动物消化，提高饲料转化率微生态预混料。