动物微生态工程就是运用动物微生态理论作指导，将有益微生物研制成为促进动物生长或生产性能，抗感染，促进免疫，提高饲料转化利用率，提高畜产品品质或降低环境污染等功效的复合或单一的微生态制剂。

微生态制剂是一种新型活菌制剂，广泛用于人类、动物和植物。利用动物体正常微生物群成员，通过鉴定、培养、干燥等系列工艺制成的一种活菌制剂。按其用途分为三类：①微生态调整（防病治病）；②微生态多功能制剂即微生物饲料添加剂；③微生态助长剂等。动物微生态制剂按其用途及作用分为三大类：

（1）微生态调整微生态调整是将不同的微生态制剂（包括需氧菌和厌氧菌制备的生态制剂）用以调整失去平衡的菌群达到治疗疾病的目的。

（2）微生态多功能制剂用于猪、鱼、禽的微生物饲料添加剂能发挥多种作用：①拮抗外袭菌，减少疾病发生；②帮助饲料的消化和吸收；③提供营养（有的细菌可提供18种以上的氨基酸）；④合成蛋白质和维生素；⑤刺激动物体免疫功能。

（3）微生态助长剂动物微生态制剂经过大量的试验研究包括普通动物、悉生动物和无菌动物试验，证明安全性强和效果确实，未表现任何副作用，且表现出显著的助长和增产作用。

目前国际上研究微生态制剂有以下几个发展趋势：一、尽量使用动物自身的原籍微生物，即菌种的同源性，如猪源菌种运用在猪身上，而牛源菌种运用于牛身上；二、尽量少用过路菌作为微生态菌种。

动物微生态制剂运用复合菌种效果优于单一菌种，也避免了用户自己复配单一菌种的麻烦，但单一菌种是研制和复配复合菌种的基础。目前单一菌种的研究注重某些特定性能的开发，如免疫、抗感染、营养、肠道菌群调控、拮抗特定病原、代谢途径改善、pH调节、环境调控、抗应激等。微生态菌种由数量型向质量型转变，就是尽量减少外源微生物菌种对肠道正常菌群平衡的干扰，数量越少而性能越高越好。微生态数量过高会造成菌群平衡的打破，会带来感染的发生及营养消耗的增加。