研制微生态制剂大致可以分为3个阶段。

　　1、对菌种进行科学合理筛选。明确微生态制剂的研制目标，了解微生态制剂发挥作用的机制、原理，制定明确、科学的筛选标准，然后按照标准选择合适的菌种。

　　2、对选择出的菌种进行试验。在菌种应用于微生态制剂之前，必须要进行安全性试验，通过多种方式检验该菌种对养殖生物的作用，确定其不会产生危害，并进行长期试验，避免产生突变。同时还要对该菌种对养殖生物产生的作用效果进行分析。

　　3、微生态制剂制成后继续试验，选择效果好的菌种研制微生态制剂，并在养殖场中试用该制剂，预估其使用后的效果，并对大规模生产微生态制剂的成本进行估算。

　　微生态制剂研制成功后，保存工作也非常重要。实践表明，微生态制剂的作用会随着时间的延长不断降低，降低速度与微生物的种类有关。但是，仅选择保存时间长的菌种生产微生态制剂会出现品种单一的问题，因此，要加强对保存技术的研究。应研究更加先进的保存技术，延长微生态制剂的保存时间，并针对微生态制剂保存中温度、湿度、光照等主要影响条件选择和研制合适的包装材料。