EM微生态制剂在水产养殖中的作用十分重要。EM微生态制剂应用于饵料当中，可以分解饵料中的粗纤维，使饵料效果更好，扩大水产饵料来源，节约养殖成本。使用EM微生态制剂后会促进动物肠道内益生菌的繁殖，减少氨氮的排放量，起到净化水质的作用。在草鱼养殖中，成鱼养殖期间最重要的问题是要保证氧气含量，所以在这一时期，需要增设增氧机或者投放含有EM微生态制剂的饵料，同时要定期对水质进行检测，同时检测氧气含量。EM微生态制剂在饵料中的应用不仅能够促进水产养殖动物吸收饵料，减少了氨氮产出，净化了水质，同时还起到了防治疾病的作用。在阴雨天氧气不足时需要及时换水或使用EM菌液泼洒全池。