微生物制剂是将自然界有益细菌通过人工筛选培育，再经过生物工程工厂化生产出来，用于生态调控及动物营养保健的活菌制剂。现在市场上销售的这类产品名目繁多，如EM菌、光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌、乳酸菌、酵母菌等，都属微生物制剂的同类产品。就有益菌种来讲，美国发布了40种安全有效的有益菌种，我国农业部允许使用的有益菌种有干酪乳杆菌、嗜乳酸杆菌、乳链球菌、枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、啤酒酵母菌、沼泽红假单胞菌等12种。依活菌种的组成，有单一菌制剂和复合菌制剂。市售的多为复合菌制剂，只是其中的菌种种类和数量有别而异。应用于水产养殖上的微生态制剂按用途可分为两大类，一类是内服以提高鱼虾免疫力的饲料微生态添加剂，目前应用较多的菌类有乳酸菌、芽孢杆菌、酵母菌等；另一类是用以改良水质的微生态调控剂，主要菌类有光合细菌、芽孢杆菌、硝化细菌等。各类菌有其自身特性，使用时要针对不同目的采用不同方法，才能最大限度地发挥其功效

(一)对水体的作用

微生物制剂可有效降低养殖水质中亚硝酸盐、氨氮、硫化氢等浓度，抑制水体中有害微生物繁殖和生长，净化水质。

(二)对养殖动物的作用

微生物制剂可使养殖动物提高机体免疫力。防止水产养殖动物体内有害物质产生。同时，转化养殖动物肠道、血液及粪便中有害物质浓度，降低有害物质在机体内的累积，有利于机体的健康。

(三)降低成本，保护环境

微生物制剂具有投资小、效益高、使用方便等优点。既能全池泼洒，也能做为饲料添加剂。无毒、无害、无药物残留，长期使用可以减少养殖过程中抗生素的使用量，减少病害发生，排放的污水对环境污染也较小。