(1)按使用目的划分，有生长促进剂、免疫促进剂和水质改良剂等。

　　(2)按菌种不同划分，有芽孢杆菌制剂、乳酸菌制剂、酵母菌制剂、光合细菌制剂、硝化细菌制剂等。

　　(3)按菌种组成划分，有单一制剂和复合制剂。微生态复合型制剂能适应各种条件和多种宿主，效果最好，是目前的发展趋势。

　　(4)按物质组成划分，有益生菌、益生元和合生元等。

　　益生菌(probiotics)：指一类通常分离自动物体内的正常菌群而制成的生物活性制剂，微生态制剂它可以通过动物消化道发挥其生物的竞争性排斥作用，帮助建立有利于宿主的肠道微生物区系，从而预防疾病，促进生长，提高免疫力。

　　益生元(prebiotics)：指低聚糖类物质等一些不被宿主消化吸收却能有选择性地促进动物体内双歧杆菌等有益菌的代谢和增殖，从而改善动物健康的有机物质。

　　合生元(synbiotics)：是益生菌和益生元结合的生物制剂，可以同时发挥益生菌和益生元的作用。

　　(5)按剂型不同划分，有液体剂型、微生态预混料固体剂型、半固体剂型等。