1、生产问题

  与养殖业发达的国家相比，我国目前的发酵技术，相关专业人员和发酵设备都是远远落后的，目前也没有形成统一的生产技术标准和生产管理监督制度，在发酵饲料的过程中容易受污染，存在很多的安全隐患，因此，建立健全行业检测标准和方法显得十分必要，目前想要生产优质价廉的发酵饲料，还有待研发出一些自动化程度高规模大的固体发酵设备。

2、菌种问题

   目前我国允许使用的微生物菌种不能满足发酵饲料的要求，因此需要选育一些性能优良并且无毒无害的微生物菌种，并且使用专业技术指导，使发酵饲料产品质量得到保证，降低生产成本，微生物发酵饲料中的活菌质量不稳定，容易失活，因此，还要找出适合的保存运输微生物发酵饲料的方法有重要的实践意义。

3、安全问题

饲料在发酵的过程中，微生物区系平衡被打破后，益生菌在特定情况下有可能会转变为病原菌，如乳酸杆菌引起的临床感染。因此发酵饲料的使用应充分考虑动物、消费者以及环境等因素安全方面的问题，经过严格的科学试验确认其无害后才能推广应用。微生物发酵饲料中的大部分有益菌是活菌，而抗生素具有杀菌作用，因此二者也不能同时使用。

4、选择问题

由于各种微生物饲料的菌种组合以及饲喂方法的不同，要针对不同的动物选用不同种类的微生物发酵饲料，养殖企业在选择微生物发酵饲料时应充分考虑动物种类，生理阶段，饲养条件和使用目的等因素，来确保每类产品都有明确的使用对象。