微生态学是研究微生物群与其宿主（人、动物及微生物）相互关系的科学，它以现代科学技术为基础，研究微生物群在宿主这一生命环境系统中的发生、演化、组成、结构、功能等，从而指导对疾病的防治和促进宿主的健康。微生态学是生态学的微观层次，是细胞水平和分子水平的生态学。其研究任务主要是：

1）研究正常菌群的本质及其与宿主之间的关系

2）阐明宿主的微生态平衡和失调的机制

3）在此基础上，指导微生态制剂的研制和应用，借以调整宿主的微生态平衡，进而达到治疗和保健的目的。

微生态学与微生物生态学不同，微生物生态学着重研究微生物的群落结构和微生物与宏观及微观环境系统间相互作用的规律及其应用。微生态学与微生物生态学的区别在于微生态学着重于微生物群对其宿主的作用，研究微生物群与非生物环境之间的相互作用规律，以宿主为重点。而微生物生态学则以微生物为重点，两者的侧重点不同。但不可否认，微生态学与微生物生态学关系极为密切。