微生物生态工程是生态工程中的一个重要分支，其在国民经济各个领域的应用和发展，特别是微生物蛋白开发利用上的纵深发展，微生物直接饲喂畜禽的研究和利用，使微生物工程和农牧业生产系统的各个环节有机地结合起来，组成新的综合农业生态工程系统，对我国畜牧业生产的持续、稳定发展有着重要意义。采用微生态工程设计和微生态技术，为解决我国生态畜牧业生产存在的高蛋白饲料资源不足、抗生素使用过多和畜禽粪便污染环境等问题提供了一个较理想的途径，有着广阔的前途。

和物理的、化学的方法相比，微生态工程技术的优点是：能源消耗少、所需设备简单，经过一定的培训即能掌握操作技术；整个生产过程基本无废物产生，尤其是各类农牧业生产过程中的下脚料、废弃物等作为资源都得到了充分有效的利用；不产生任何有害物质，有利于保护和改善环境。