微生态失调是微生态平衡的反义词，是指微生态系统处于不良条件下时所出现的微生物种类、生理功能和各种相互关系的紊乱。例如，当宿主患病、免疫力下降、长期接受化学治疗或放射治疗时，原来的条件致病菌或外来致病菌（梭菌、葡萄球菌、白假丝酵母菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌等）占据优势并乘机肆虐，从而使宿主出现亚健康或轻重不等的病理状态。所幸在多数情况下，这类微生态失调是暂时的，在消除不良环境因素、调整饮食结构和有针对性地补充生态制剂后，微生态失调现象是可以消除和逆转的。

微生态失调是指正常微生物群之间及其与宿主之间的微生态平衡，在外环境影响下，由生理性组合转变为病理性组合的状态。它包括两个方面的内容：一方面是正常微生物群的种类、数量和定位的变化；另一方面是宿主表现出患病，这两方面互为因果。

微生态失调可以分为以下四类情形：

① 菌群失调　一度失调是正常菌群在组成和数量上的变化，没有临床表现，可以自然恢复。二度失调是由生理波动转为病理波动，在临床上有慢性病表现，是不可逆的。三度失调，临床上表现为急性症状，引发二重感染。

② 定位转移　病原微生物开始出现定位转移。

③ 血行感染　是原籍菌易位传播的一种途径，也是一种易位感染。血行感染分为菌血症和脓毒败血症。

④ 易位病灶　正常微生物因其他诱因而在远隔肠道组织的其他脏器或组织上形成病灶，如脑、肝、肾、腹腔、盆腔等的脓肿。