用了微生物肥料可以提高化肥利用率，可以少用化肥，克服了单用化肥会使土壤板结，漏水、漏肥的缺点。

在只追求产出，不追求产品质量的大宗农产品(比如玉米、小麦)种植地块，生物有机肥一般不宜完全代替化肥如果仅用微生物肥或有机肥完全代替化肥，既追求产品品质，又追求产量，将使投入成本相对增高。对不追求农产品品质，只追求产量的一般大宗农产品来说，全部用成本相对较高的生物有机肥代替成本较低的化肥，成本显得较高。这种仅用化肥，既追求产量，又希望土壤持续丰收的操作，只能在富含大量有机质的土壤中短期内有效。东北黑土长期只用化肥，同时焚烧秸秆，导致黑土也会沙化就是明显的例子。

如果考虑农田的持续发展，一般农产品使用的肥料最好是化肥、微生物菌剂、有机肥混合使用。将微生物肥或生物有机肥用于有特殊经济效益的农产品种植，如果树、蔬菜、茶叶、中药材，是一个针对性强，经济效益好的农艺措施。既提高了产量，又保证了风味品质和有效成分。

微生物肥料的使用能够实现化肥减量使用。化肥的当季实际利前用率仅为30%~35%左右，大部分没能被植物吸收，留在土壤里或者冲入水域中的化肥污染了环境。大宗农产品以生物有机肥为基肥，需要追肥时使用化肥，这种化肥配施生物有机肥的措施，能使化肥的利用率大为提高，一般能提高至 70%左右。有固氮能力的菌株在贫氮的土壤或水域中还能有效地将大气中的氮气固定为氮肥，大大减少化肥的用量。生物有机肥的使用还能大幅度提高农产品质量。