1.维持动物肠道、呼吸道等与外界相通的腔道的菌群平衡

宿主体内的微生物存在优势种群，维持着动物肠道、呼吸道等与外界相通的腔道的菌群平衡，如缺失就意味着微生态失调。如果宿主胃肠道微生态平衡失调，导致动物的消化系统紊乱，生长发育受阻，生产性能下降，甚至发生疾病。而饲喂微生态制剂后，补充有益菌群，其主要成分就会成为新的优势菌群，维持动物肠道菌群平衡，使失调的微生态达到新的平衡。

2.生物屏障作用

健康动物的肠道粘膜都有一层微生物防御屏障,抵御外来病原微生物的入侵。微生态制剂中的有益菌,与病原微生物争夺肠黏膜上皮细胞上的生态位点和营养物质，从而抑制了病原微生物的生长繁殖，保持了动物机体健康。微生物防御屏障包括化学屏障和生物屏障两个方面。化学屏障指肠道内菌群的代谢产物，如乙酸、乳酸、过氧化氢及细菌素等活性物质，可杀灭病原微生物，阻止其在宿主体内定植。生物屏障指定植于皮肤上皮细胞或黏膜上的正常菌群所形成的生物膜样结构，防止过路菌以及外来致病菌的定植、占位、生长和繁殖。

3.生物夺氧作用

当动物肠道内微生态系统失调，使局部氧分子浓度升高时，会促进病原微生物的生长和繁殖。饲用微生态制剂含有有活性的好氧益生菌，大量耗氧微生物生长繁殖，会降低局部氧分子浓度，从而抑制病原微生物的生长，使失调的微生态平衡得到恢复，拮抗病原微生物的入侵，达到防治动物疾病的目的。

4.刺激免疫系统，提高机体免疫力

有益微生物能够刺激动物机体，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞活性，增强机体体液免疫和细胞免疫功能。 研究表明，枯草芽胞杆菌制剂饲喂雏鸡时，能显著提高其脾脏中T、B淋巴细胞量。

5.产生有益代谢产物及抗菌物质

益生菌如乳酸菌进入动物肠道后会代谢产生乳酸，芽胞杆菌等进入宿主肠道后能够产生挥发性脂肪酸，降低肠道pH值，抑制致病菌的生长，增强肠道内蛋白酶活性，对畜禽幼雏的生长发育有很大帮助。某些益生菌在代谢过程中会产生乳糖菌素、嗜酸菌素、杆菌肽等抗菌物质，从而抑制病原菌在动物肠道内的生长繁殖。