酶发酵的主要方式有液体深层发酵、固体培养发酵、固定化细胞发酵等。以下是详细介绍：

　　液体深层发酵。这种方式使用液体培养基在生物反应器中进行发酵，通过灭菌、冷却后接种产酶细胞，在特定条件下进行发酵生产，得到所需的酶。其优点包括产酶率高、质量稳定、产品回收率高，是目前主要的生产方式。

　　固体培养发酵。这种方法使用麸皮、米糠等固体或半固体培养基，接种产酶微生物，适用于霉菌的培养和发酵产酶，以及制作酒曲、酱油曲等。

　　固定化细胞发酵。在此方法中，微生物被固定在水不溶性的载体上，进行连续或间歇的发酵，其优点包括细胞密度大、产酶能力强、发酵稳定性好，且细胞固定在载体上，流失较少，可以在高稀释率条件下连续发酵。