复合菌种发酵的缺点主要包括：

　　可能引起环境污染：复合微生物菌剂由多种生物群体组成，虽然这些生物对土壤肥力有益，但它们也可能对环境造成污染。例如，如果这些微生物未被完全吸收，产生的废物可能会污染土壤和水源。

　　长期使用可能会提高土壤酸碱度：复合微生物菌剂在土壤中生长繁殖并分解有机质的过程中，可能会导致土壤酸碱度的变化。长时间使用可能会导致土壤过于酸性或碱性，影响植物的生长健康。

　　可能影响植物的生长：不同的复合微生物菌剂对植物生长的影响不同，有些可能促进作物生长，但也可能引起不良反应，如对植物根系造成伤害或抑制植物生长。