em菌在水产养殖中的作用为：能够分解水体中的污染物，降低氨氮、硫化氢等有害物质含量；拮抗水产病原微生物，抑制有害微生物的生长；增强水产养殖动物的免疫功能，预防病害，降低发病率及死亡率；促进生长发育，增加产量，改善肉质；净化水质，改善环境，延长换水时间间隔；减少病原菌，平衡微生态，减少药物使用，保障环境安全。

　　em菌在水产养殖中的使用注意事项包括：EM菌种发酵液不要与化学药剂同时混用，若混用造成池水变臭，要立即换水；EM菌种发酵液饲料须保持新鲜，即配即喂，如有剩余，应密封保存，防止变质；EM菌不能与抗生素或农药同时使用，打过农药的器皿或池塘外用消毒剂与盛放EM菌的间隔时间必须在3天以上，以免影响使用效果。此外，使用EM菌时所用清水必须是洁净的井水或河水，如用自来水，需放置24小时后再使用。