益生菌可增强机体的抗病原微生物和免疫保护能力。近年来，多项研究从肠道菌群和微生态制剂的角度出发，探索了其与呼吸系统疾病如病毒性肺炎、细菌性肺炎、支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病(COPD)等的预防与治疗的相关性。

　　肺炎:肺炎特别是重症肺炎患者常出现菌群紊乱、免疫功能低下等并发症。益生菌可有效调节肺部感染患者的肠道菌群，建立正常共生菌落，减轻潜在致病微生物对肠道的侵袭，降低局部病灶炎性反应及肠源性疾病发生率。益生菌可改善肺炎患者特别是老年重症患者的肺部功能，可能与其能有效减轻肠道局部的炎性反应，减少炎性因子随血液循环进入肺脏，从而减轻肺毛细血管及肺泡损伤有关。呼吸机相关性肺炎为机械通气常见并发症，严重威胁患者生命。多项研究显示，对于需要机械通气的患者，特别是老年人和儿童，早期进行益生菌治疗可有效预防呼吸机相关性肺炎的发生，降低机械通气患者继发感染的风险。

　　支气管哮喘:通过益生菌的免疫调节作用防治支气管哮喘的效果尚存争议。目前，加氏乳杆菌A5、鼠李糖乳杆菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌及丁酸梭菌均有用于治疗支气管哮喘的相关研究。部分研究显示，使用益生菌可显著改善患儿的肺部功能和哮喘症状，疗效明显优于传统疗法，且复发率低。也有研究表明，益生菌对哮喘的预防和治疗无显著优势。

　　慢性阻塞性肺疾病:患者肠道益生菌群明显少于正常人，且肠道微生态失衡与慢性阻塞性肺疾病急性加重发生率相关。益生菌辅助治疗慢阻肺急性加重可促进胃肠功能恢复，减轻肠黏膜通透性，降低血清D-乳酸和内毒素水平，减轻内毒素血症，对慢阻肺急性加重有一定效果，且安全性较好。