微生态制剂理论根据之一生物屏障理论

生物屏障理论是指微生态制剂定植于粘膜或皮肤上皮细胞之间的正常菌群所形成的生物膜样结构，通过微生态制剂的定植来保护过路菌或外来致病的定植、生长和繁殖。 微生态制剂中的益生菌就是这类正常菌群中的成员，可参与生物屏障结构，发挥生物拮抗作用。

微生态制剂理论根据之二生态平衡理论

生态平衡在微生态制剂理论依据里边主要是讲动态平衡，它包括人体以及动植物体表及体内的大量微生物群之间的动态平衡。使得宿主与微生物种群与外界环境之间构成一个微生态系统。这一方面对宿主有利，能辅助宿主进行某些生理过程，另一方面对寄居的微生物有利，使之保持一定的微生物群落组合，维持其生长与繁殖。

微生态制剂理论根据之三生物夺氧理论

根据正常微生物群的自然定植规律，人或动物出生时是无菌的，出生后不久就被一系列微生物细菌定植了。定植的顺序先是需氧菌，随后的是厌氧菌。可以利用微生态制剂暂时在肠道内定植，使局部环境中氧分子浓度降低，氧化还原电位下降，造成适合正常肠道优势菌生长的微环境，促进厌氧菌大量繁殖生长，最终达到微生态平衡。