目前，微生态制剂已被公认为有希望取代抗生素的饲料添加剂，是发展绿色养殖业的重要保证，但使用方法必须科学合理，才能发挥出其应有的作用，否则，可能达不到预期功效。

1、保存科学，配伍合理。微生态制剂属于活菌制剂，一般应保存在干燥、阴暗的地方。活菌制剂对抗生素及杀菌药物很敏感，因此，使用微生态制剂时，一般不要与抗生素及其他抑菌、杀菌药物混合使用，如果病情确实需要使用这些药物，也应间隔24小时以上再使用。一般是先用抗菌性药物清理肠道，为益生菌的定植和繁殖清除障碍，然后再使用微生态制剂，这样就可以达到很好的使用效果。

2、时机合适，剂量足够。在刚出生的仔猪体内，微生态平衡尚未建立，抵抗疾病的能力较弱，此时通过投喂微生态制剂引入益生菌，可较快占据附着点，尽快形成优势菌群，从而起到预防疾病、卫生保健的效果。在断奶、分群、长途运输、饲料更换、天气突变等应激条件下，猪体内微生态平衡遭到破坏，若提前使用微生态制剂，对形成优势菌群极为有利。根据试验，只有中低剂量的益生菌可以有效增加猪的日增重、日采食量、明显提高饲料转化率，而高剂量的益生菌反而影响猪的生长。