使用微生态制剂时，一定要注意菌体的数量和活力，一般要求每毫升含3亿个以上的活菌体，且活力要强。试验表明，随着微生态制剂保存期的延长，活菌数量逐渐减少，其作用效果明显降低。所以除应注意妥善储存外，还应尽早使用，制剂的颜色和气味发生明显变化，则可能意味着菌体已开始死亡腐败，尽量不要再使用。

微生态制剂在20世纪70年代兴起时，被认为只有活的微生物才能起到微生态的平衡作用，因此认定微生态制剂是活菌制剂，甚至有一段时间，把微生态制剂就称为“活菌制剂”。但随着科学研究的深入，微生态制剂的不断发展，大量资料证明，死菌体、菌体成份、代谢产物也具有调整微生态失调的功效。

微生态制剂在种植业上的主要作用有：

①许多微生态制剂本身就含有大量的营养物质，有促进植物生长的功能。

②一些微生物在其发酵或代谢过程中，产生一定量的植物内源生长调节剂能使作物生长健壮，促熟增产，具有抗衰老、抗干旱、抗盐碱、抗强光、抗干热风等作用。

③一些微生物可产生药理活性物质，直接调节微生物区系，抑制病原菌，控制病害发生，达到预防和治疗作用。

④微生态制剂的微生物均为有益菌，它们与植物体内有益菌一起形成强有力的优势种群，大量繁殖，通过竞争抑制使有害菌的增殖受到抑制。

各种环境因子都可能对微生态制剂产生一定的影响，我们应把不良影响降到最小，选择适宜的水环境，一般控制pH 6-8，水温15-35℃，水体溶解氧2㎎/L以上。当然，不同菌株受环境因子的影响也有所不同。阴雨天使用光合细菌效果不明显；亚硝酸盐和pH偏高的水体，使用芽孢杆菌制剂的效果不明显；pH值低于7或者高于8.5的水体，以及溶解氧含量低的水体，不利于硝化细菌的生长；光对硝化细菌的生长，繁殖也有一定的抑制作用。因此，在使用微生态制剂前，应测定有个水环境因子的指标，依此选择相适应的微生态制剂，并通过改进措施，达到最为理想的效果。