微生态系统研究的现状：

近年来，微生态系统研究有所降温，其中最重要的一个原因就是生态学理论的飞速发展，生物多样性、全球变化、可持续发展正成为生态学研究的重心，而微生态系统理论并没有大的变化，以跟上研究的需要，因而逐渐为人们所冷淡；再者，由于微生态系统理论体系自身的局限，常使人们陷入关于实验结果的可信程度、研究的尺度等问题的争论之中。但是，微生态系统研究仍然具有活力和吸引力，关于其研究进展的文献有很多，既包括其传统的研究领域，又向生态学新的分支领域的研究作了发展性尝试。这表明，微生态系统理论还是在发展着的，在生态学未来的研究中将继续发挥重要作用，相信它会很好地解决前进道路上的困难

微生态系统研究与其它学科相结合：

现代生态学的发展最具特色的一点就是生态学与其它学科相结合，产生了众多的边缘学科，如数学生态学、分子生态学、化学生态学、经济生态学等等，促进了生态学的进一步发展。同样，作为生态学研究的一个分支，微生态系统理论的发展也充分显示了这一特色。Tamanai（1996）利用实验室微生态系统研究了产肠毒素的大肠杆菌，在获取其DNA以后继续了直接PCR和PCR扩增，观察细菌的活性；Dyrebory（1996）在一种微生态系统中研究了杂酚油混合物中苯的需氧性降解的抑制作用，从而表明了NSO-混合物对于许多杂酚类混合物的降解存在潜在的抑制作用，这对于不同混合物的降解是很有用的；微生态系统实验还可用于环境影响评价和公众健康评议。当然，关于这方面的实例还有很多，这儿就不一一引述了。微生态系统实验的方法包括了化学、分子生物学、毒理学、微生物学等其它学科的一些实验方法，在结果分析中又常运用数学、统计学的一些方法，正是这些学科为微生态系统理论的发展提供了基础，在将来的发展中同样也离不开它们的支持