仔猪阶段是免疫系统较弱，是病原菌最易感染的阶段，由于仔猪的肠道微生物菌群尚不完善，尤其是小肠菌群，所以在仔猪阶段添加益生菌需要慎之又慎，多数养殖实践结果表明，仔猪阶段大量添加枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌会导致仔猪应激性腹泻，但这种腹泻不影响仔猪健康，症状会在一周左右消失。统计动物实验数据表明，在仔猪或者母猪日粮中添加乳酸杆菌、丁酸梭菌、对仔猪的腹泻、死淘率、断奶窝重有明显的改善作用。

　　保育猪处于母乳与饲料的转换阶段，消化酶不足、冷应激、饲料中蛋白含量过高等原因都可以引起小肠消化能力下降，大肠中未消化蛋白过多，细菌大量繁殖，有益菌减少，从而引起消化不良腹泻，表现为食欲不振、饲料转化率不高。保育猪饲料中添加复合益生菌可明显降低仔猪断奶后肠道中大肠杆菌的含量，增加肠道有益菌的含量，有效提高仔猪肠道蔗糖酶、麦芽糖酶的酶活，提高仔猪对饲料养分的吸收能力。同样保育猪也存在肠道微生物菌群尚不完善，大量添加枯草芽孢杆菌、地衣芽泡杆菌会导致保育猪的应激性腹泻，这种现象仅表现在大剂量添加的基础上。