在生物进化过程中，微生物与其宿主(人、动物、植物及微生物)、微生物及微生物以及他们与环境之间，由于长期相互适应的结果，在正常情况下，生物宿主的体表与体内分布着一定种类和数量的，形成一个生态系并保持生态平衡的特定微生物群，称之为正常菌群（NormalFlora）。正常菌群分布于人体体表以及与外界相通的腔道，分布部位有皮肤、呼吸道、外耳道、消化道（口腔；胃；空肠；回肠；结肠）、鼻腔、泌尿生殖道等，其中以肠道最多。这些微生物在长期的进化过程中和人形成共生关系。许多微生物对人不仅无害，而且有益。正常菌群中以肠道菌群最具有代表性,研究最有成效。肠道菌群包含的细菌数量则可以达到1014个 ，为人体细胞总数的10~20倍，其中至少包括14个菌属（类杆菌、双歧杆菌、乳杆菌消化球菌、消化链球菌、肠球菌、肠杆菌等），约400~500种细菌，90%~99.9%是厌氧菌（双岐杆菌、乳杆菌等），肠杆菌、肠球菌等需氧菌数量极少。