光合细菌，属于厌氧或兼性厌氧性的光能异养菌。在光照条件下，光合细菌能利用小分子有机物合成自身生长繁殖所需要的各种养分，增加水体溶氧，还能利用水环境中的氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐等合成有机氮化物，净化水质；在缺氧条件下，光合细菌对硫化氢、酸性物质等均有一定的分解作用。此外，光合细菌可以产生抗病毒因子等生物活性物质，具有独特的抗病、促生长功能，大大提高了水产动物的生产性能的优点。