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近年来，微生态系统研究有所降温，其中最重要的一个原因就是生态学理论的飞速发展，生物多样性、全球变化、可持续发展正成为生态学研究的重心，而微生态系统理论并没有大的变化，以跟上研究的需要，因而逐渐为人们所冷淡；
再者，由于微生态系统理论体系自身的局限，常使人们陷入关于实验结果的可信程度、研究的尺度等问题的争论之中。
但是，微生态系统研究仍然具有活力和吸引力，关于其研究进展的文献有很多，既包括其传统的研究领域，又向生态学新的分支领域的研究作了发展性尝试。
这表明，微生态系统理论还是在发展着的，在生态学未来的研究中将继续发挥重要作用，相信它会很好地解决前进道路上的困难微生态系统研究具有许多优点，这在前文中已有论述，此处仅从一些科学家对微生态系统研究的评价入手来说明这项研究的优越性。
Drake等（1996）认为微生态系统作为一种生态学模型在当代生态学思想发展中起到了重要的作用；
Verhoef（1996）认为微生态系统实验在研究枯枝落叶层降解过程方面是很合适的，包括测量CO2产生量、有机碳、矿质N、P、K、Ca、Mg的吸收等；
Jaffee（1996）在研究土壤种群生物学时认为运用微生态系统的实验与原理对于理解问题是很有帮助的，微生态系统可以提供实验方面的许多好处，通过控制土壤水势、通气性和温度可以对种群的密度进行调节，系统可以在不同的时间建造并对其时间动态进行观察，所得的结果是很准确和完美的；
Moore等（1996）认为土壤生态学研究向来有使用微生态系统作为研究工具的良好传统，土壤微生物很小，其栖居地的尺度小、繁殖周期短，因而整个群落都可以在实验室内进行研究微生态制剂；
Carpenter（1996）认为微生态系统除了对基础研究有帮助外，还可以提供许多方便，如可提供快速的结果、可重复、可获得大量的实验数据，花费有节制，具有很大的吸引力，可以使生态学家免受许多野外奔波之苦，微生态系统还可以用来排除假想的机制，比较几种不同的机制微生态预混料 。
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