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在种植业上应用的微生态制剂大体上可分为3个主要类型:
第一类是生物防治用微生态制剂，在种植业的病虫害防治上使用较早，如苏云金杆菌。
第二类是土壤微生态制剂，可改善土壤物理、化学和生物特性。
第三类是植物微生态制剂，典型的例子是中国农业大学研制的增产菌微生态。近年来，出现了许多综合性的微生态制剂，它可以兼具植物微生态制剂、土壤微生态制剂和生物防治用微生态制剂3种功效，有的还具有消除土壤化学毒素、净化土壤环境的功能。
微生态制剂在种植业上的主要作用有:
①许多微生态制剂本身就含有大量的营养物质，有促进植物生长的功能。
②一些微生物在其发酵或代谢过程中，产生一定量的植物内源生长调节剂能使作物生长健壮，促熟增产，具有抗衰老、抗干旱、抗盐碱、抗强光、抗干热风等作用。
③一些微生物可产生药理活性物质，直接调节微生物区系微生态预混料，抑制病原菌，控制病害发生，达到预防和治疗作用。
④微生态制剂的微生物均为有益菌，它们与植物体内有益菌一起形成强有力的优势种群，大量繁殖，通过竞争抑制使有害菌的增殖受到抑制。
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