目前肠道微生物的主要研究方向：

　　肠道微生物也就是我们所说的“肠道菌群”，其数量超过人体自身细胞的10倍以上，对营养物质代谢、人体自身发育、免疫及疾病的产生等方面都起到极其重要的作用。很多研究结果都表明肠道微生物和多种疾病发病直接相关，比如肥胖、神经变性疾病等。

　　目前微基生物已与北京大学、清华大学、长征医院、红房子医院等多所高校科研院所和医院合作，已检测过人、小鼠、大鼠、猴子等多种动物的粪便及肠道内容物。微基生物可采用二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE等方法，对样本中微生物的DNA进行测定，并通过生信统计分析，对大量数据进行处理，揭示肠道中微生物的种类以及它们之间的相对丰度和进化关系；还可以通过实时荧光定量PCR方法，定量的研究肠道菌群，探讨微生物多样性，研究肠道微生物与环境间的相关关系；还可以通过厌氧培养，获得肠道微生物中的菌种，从菌株水平上研究肠道微生物的功能和作用。

　　目前肠道微生物的主要研究方向：

　　（1）寻找疾病组和健康组间肠道菌群的差异：

　　分别采集健康人群和疾病人群的粪便样本，比较健康组和疾病组之间肠道菌群的差异，寻找与疾病相关的marker，这是目前最典型的研究方法；

　　（2）研究药物或饮食干预群体的肠道菌群：

　　分别采集药物或饮食干预前、后的群体的粪便样本，比较个体在不同干预阶段的肠道菌群的差异；

　　（3）同一群体、不同生长发育时期的肠道菌群：

　　如分别采集婴儿出生后0个月、4个月、12个月等时间的粪便样本，对婴幼儿的肠道菌群进行研究；

　　（4）研究某一疾病发生发展进程中的群体的肠道菌群：

　　如分别选择健康人、结直肠腺瘤患者（大部分的结直肠由腺瘤演变而来）、结直肠患者群体，研究与结直肠疾病进程相关的marker；

　　（5）研究同一群体多个身体部位的微生物：

　　如分别选取同一人群的粪便、唾液、牙菌斑等样本进行关联分析。

　　微基生物可以做什么：

　　（1）研究样本中微生物的种类及其对应的丰度；

　　（2）对样本中某一种微生物进行定量；

　　（3）通过厌氧培养获得样本中微生物的菌株。

　　微基生物提供肠道微生物多样性分析的整体科研服务：实验规划->样本采集保存->分子实验->生信统计分析->论文协助

　　已检测对象：

　　人、小鼠、大鼠、猴子、鸡、羊、鱼、马、驴、熊猫、穿山甲等动物的粪便或肠道内容物；

　　检测类型：

　　细菌、真菌、放线菌等；

　　检测方法：

　　二代高通量测序、三代高通量测序、PCR-DGGE、实时荧光定量PCR、厌氧培养；

　　检测平台：

　　（1）微基生物拥有Illumina MiSeq、Ion PGM高通量测序分析，PacBio第三代高通量测序分析，PCR-DGGE变性梯度凝胶分析，实时荧光定量PCR（Real-time qPCR），克隆文库等检测平台。

　　（2）具有厌氧培养系统，可以分离粪便样本中的微生物。

　　样本采集耗材：

　　为客户提供样本采集保存耗材，包括粪便采集盒、常温保存液、取样勺和保存管等。

　　样本采集方法：

　　（1）人粪便：采集新鲜的、中后段、内部的粪便样本，每个样本需1g，采好后立刻冻存于-80℃冰箱，保存期间切记反复冻融。

　　（2）小鼠粪便：建议采用拎尾法或者代谢笼采集新鲜粪便，每个样本需1g，采好后立刻冻存于-80℃冰箱，切记反复冻融。

　　（3）大鼠粪便：可采用代谢笼采集新鲜粪便样本，每个样本需1g，采好后立刻冻存于-80℃冰箱，切记反复冻融。

　　若无法实现低温保存，可采用微基生物研发的常温采集保存套装，可在常温下保存14天。

　　送样要求：

　　（1）粪便样本或肠道内容物样本：每样本需1g，新鲜取样，冻存于-80℃，保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输；

　　（2）DNA样本：DNA总量≥300ng，浓度≥10ng/μL，OD260/280=1.8-2.0，并确保DNA无降解，样本保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。

　　技术路线：

　　高通量分析流程

　　PCR-DGGE分析流程 

　　生物信息与统计学服务：

　　案例分析：

　　标题：巴布亚新几内亚人肠道微生物：组成，多样性及生态形成过程 （Cell Reports, IF: 8.358）

　　研究领域：肠道微生物

　　分析物种：细菌

　　高通量测序平台：Illumina MiSeq

　　测序区域：16S rRNA gene V5-V6 region

　　主要结果：

　　(1）PNG和US人群肠道微生物多样性分析

　　(２）细菌多样性图谱

参考文献：

　　Martinez, I., J. C. Stegen, M. X. Maldonado-Gomez, A. M. Eren, P. M. Siba, A. R. Greenhill and J. Walter (2015). “The gut microbiota of rural papua new guineans: composition, diversity patterns, and ecological processes.” Cell Rep 11(4): 527-538.