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“微生态制剂”作为一种特殊的制剂，在使用方法上，应注意以下几个特点。
一首先要选择合适的品种：
微生态制剂的种类很多，患者可根据自身病情选择适合的品种，如要尽快改善消化系统功能，可使用“培菲康”，因为它是三联活菌制剂，三种有益菌群分别在肠道上、中、下部位繁殖，作用较快；如果是小儿腹泻、消化不良，则宜选用“妈咪爱”，既助消化，又能补充维生素和微量元素；食物中毒就适宜抗腐败能力强的“米雅BM”等。
二注意不能与抗菌药合用
大多数活菌制剂对各类抗菌药敏感，如在使用活菌制剂时同时使用抗菌药，则会使活菌制剂失去效果。如必须同时使用，就应当选用“死菌及其代谢产物制剂”，如嗜酸乳杆菌散及乳酸菌素片等。
三多数微生态制剂适合饭后服用
“微生态制剂”中所含的菌种（株），大多不能耐受胃液，如果空腹服用则会使活菌遭到破坏。饭后服用，可以增强药物的使用效果。
四 存放须得当
“微生态制剂”的储存时间一般短于普通药物，特别是活菌制剂，对储存环境要求较高。含活菌的制剂最好在低温处保存，尤其是口服液应置于冰箱保存。另外，服用时切忌对着瓶口直接服用，以免污染瓶内菌群，导致变质。
值得注意的是，“微生态制剂”也不是万能的营养品，它同样有适应范围和副作用，应当按医嘱使用，不能盲目长期滥用。毕竟人体消化系统的菌群环境，是依靠良好的生活习惯、合理的饮食习惯而形成的，单纯依赖外界大量“移民”，只会弊多利少。
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