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使用微生态制剂应具有足够的浓度，且要持续使用才能起到较好的效果。微生物制剂的作用主要是通过和其他微生物的竞争性抑制来实现的，因此，首次使用和换垫料使用时量一定要足，并坚持长期连续使用，才能达到最佳效果。但并不是使用剂量越大越好，用作免疫增强剂的微生态制剂在饲料中添加量不宜大，可以少量添加，持续使用。 不宜与抗生素、消毒剂和杀虫剂混用。由于抗生素、消毒剂、杀虫剂等均会不同程度影响微生物的增殖，在应用微生物制剂之前应尽可能换成干净水，连续使用，使之形成优势菌群，待微生物制剂中的有益菌群确立优势地位并达到新的平衡状态，才会显示出防病、净水效果。若在使用后3-5天内就开始使用抗生素、消毒剂和杀虫剂，会造成前功尽弃。拌料内服一定要注意了解饲料添加剂里面是否有抗菌药物成分。 使用微生物制剂应考虑环境条件。微生物制剂中微生物细菌需要一定的环境条件生长和繁殖，因此，应根据各种微生物制剂的生态特征使用。例如光合细菌要有一定的光照、湿度和温度才能生长和繁殖，因此，在阴天、雨天、夜里不能使用光合细菌，应在晴天使用。 注意微生物制剂的活力和数量。微生态制剂必须含有一定量的活菌，一般要求每毫升含3亿个以上的活菌体，且活力要强。 应在常温、阴凉处保存，且注意微生态制剂的保存期。随制剂保存时间的延长，活菌数量逐渐减少，即意味着其作用越来越小。
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