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为什么微生态饲料能够调理肠道健康，提高抗病力呢?
首先，微生态饲料中增加的益生菌能够在动物的胃肠道生长繁殖，消耗其中的游离氧，营造厌氧环境，促进有益的厌氧菌群的生长繁殖，从而使肠道菌群恢复平衡。
第二，生态位竞争
a. 竞争附着位点 益生菌与病原菌抢占肠道内表面，使病原菌不易在肠道上附着而被排出体外，形象地称之为“抢座位 ”。
b. 竞争营养物质 益生菌与病原菌抢占肠道内的营养成分，使病原菌因得不到足够的营养物质而生长繁殖受阻，形象地称之为“抢面包”。
第三，益生菌会产生抗菌素、过氧化氢和乳酸等多种抑菌成分，形象地称之为“下毒药”。
第四，益生菌能刺激鱼虾免疫系统提高吞噬细胞活性和抗体水平，增强机体免疫力。
第五，促生长作用
1) 微生态益生菌本身是营养丰富的菌体蛋白;
2) 微生态益生菌产生鱼虾生长所需的维生素、有机酸、蛋白质等营养物质和未知生长因子;
3) 产生消化酶类，协助动物消化，提高饲料转化率。
第六，微生态益生菌被排出体外后，还能继续发挥作用，把水体中的残饵粪便降解为硝酸盐、磷酸盐等，为藻类提供营养物质;降解氨氮、亚硝酸盐和硫化氢等有害物质，改善养殖环境 。
尽管微生态益生菌有这么多的好处，但一些饲料厂推广的微生态饲料为什么使用效果远不如宣传地好呢?
内行人都知道在饲料的生产过程中会有高温高压的过程，常常超过100℃。面对如此高的温度，没有任何保护的益生菌将九死一生，芽孢杆菌由于能产生芽孢，存活率高些，但也不超过15%，乳酸菌、酵母菌就更不行了，全军覆灭。活着的益生菌才能发挥上述作用，死了的益生菌顶多只能充做营养成分了。
饲用微生物工程国家重点实验室经过多年研究，刻苦攻关，终于掌握了微囊包被的先进技术。通过微囊包被和益生菌保护剂，益生菌被包在微小的包囊里面，相当于穿上了消防服，就能够经受过高温高压的饲料生产过程。芽孢杆菌的存活率可达82.3%，乳酸菌的存活率可达51%以上。
了解了微生态饲料的作用机理，在使用此饲料时还要充分发挥最佳效应期用药原则，才能达到事半功倍的效果。即：
1) 刚孵化出的幼鱼、幼虾等，在开食时投喂菌制制，可改善幼体的肠道环境，促进其摄食，增强抗病能力。
2) 快速生长期，使用菌制剂，可以清除环境中的有害细菌，促进生长，减少发病。
3) 食性转换及食物结构调整期，使用菌制剂，可以使其安全度过转换期，避免致病菌的侵袭。
4) 发病经抗生素治疗后，使用菌制剂，可以抑制有害菌的数量，改善鱼虾肠道环境，帮助其更快地恢复健康，起到明显的保健作用。
5) 应激状态，如温度的突然下降，环境的突然改变等，使用菌制剂，可以提高鱼虾的抗应激能力，提高成活率
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