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一般讲的微生物肥料,其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、泥炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，所以习惯上把微生物菌剂称为微生物肥料，人们俗称为“菌肥”。
微生物肥料的作用主要是提供对作物生长有益的“微生物群落”，而不是“营养元素”。这些有益的微生物施到土壤中后，能产生各种不同作用。
一、促进有机物料腐熟
有机物料经过微生物的腐解，转化形成大量优质的有机肥料，增加土壤有机质和土壤肥力。
二、产生各种活性物质
如赤霉素、吲哚乙酸、细胞分裂素等，促进作物生长。
三、提供或活化养分功能
生物固氮、溶磷、解钾(4%);促进碳、氢、氧（94%）的生成与吸收。促进钙、镁、硫元素增加养分的有效性，使作物吸收更多的养分。
四、增强作物抗逆性
抑制病虫害发生（病情指数降低）、抗倒伏、抗旱、抗寒及克服连作障碍。
五、土壤改良和修复
直接或间接地将土壤环境中的有毒有害物质的浓度减少，或毒性降低，或完全无害化。
六、提高产品产量
提高单产、亩产，早熟、早上市。
七、改善农产品品质
改善农产品外观指标和内在品质指标。
八、“整合”的作用
微生物能够整合植物所需的各种养分和微量元素，帮助转化和吸收，有试验表明，微生物能将成段成段的肽链促进根系吸收，其功效是光合作用的3倍。
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