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微生态活菌（益生菌，下同）产品中，并不是菌株含量越高越好。含量高的微生态活菌制剂，动物食用以后，将害处大于益处。最为典型的就是：使用过高菌含量的微生态产品，会造成鸡群消化道和肠道内的微生物菌群，大量失衡而致鸡子拉稀或拉水便，甚至在炎热的夏季脱水死亡。所以，微生态产品中活菌含量高低不是产品质量好坏的唯一评价标准。
微生态活菌制剂中的细菌在肠道内的定殖能力，直接决定了微生态类产品好坏的实验室评价指标之一。如今已知的有益菌主要有干酪乳酸杆菌、植物乳酸杆菌、嗜酸性乳酸杆菌、粪链球菌、乳链球菌、枯草芽孢杆菌、纳豆芽孢杆菌、乳酸片球菌、啤酒酵母、产朊假丝酵母，沼泽红假单胞菌和曲霉。
微生态的益生菌是一类对动物宿主有益的活性微生物，它可定植于动物的肠道内，能产生确切的保健功效，从而改善动物宿主肠道内的微生态平衡，发挥其有益作用的活性有益微生物。
这些益生菌形成冻干粉后，会以数百亿计的益生菌冻干菌粉定植于动物的肠道，并且在肠道中不断迁徙，一些在体内定殖，一部分排除体外，使有害菌的生长繁殖以及胃肠道的定殖受到抑制。
这些益生菌在动物胃肠道快速繁殖，每20分钟繁殖一代，巨大的肠腔表面不仅是动物机体吸收营养物质的主要场所，也是各种细胞，包括益生菌和有害菌定殖的场所，形成机体相对稳定的肠道菌群。
健康动物的肠道菌群中益生菌较多，而有害菌比例较少。益生菌在不断繁殖，同时致病菌也在不断繁殖。益生菌主要通过3种机制来抑制致病菌的生长和繁殖。
第一种：竞争性抑制
在肠壁上与有害菌竞争定殖位点，并与其争夺营养物质，从而将有害菌从肠壁上排挤出去。
第二种：产生乳酸
益生菌产生乳酸物质，能降低肠腔pH，产生酸性环境，而偏爱碱性环境的致病菌和大肠菌在酸性环境中生长受抑制直至死亡。动物在受到应激时，肠道中pH值会升高，此时胃肠道环境更适合致病菌生长，这就是为什么动物频繁受到应激时，更容易生病的原因。
第三种：增强机体免疫功能
表现之一是：巨噬细胞活性增强。益生菌产生某种生化信号类物质，益生菌将这类物质传递给巨噬细胞后，巨噬细胞能识别致病菌的定殖位点而进行吞噬。
益生元是不被机体消化的低聚果糖类物质，作为益生菌的“食量”，能选择性地促进一种或几种益生菌的生长与活性，特别是在消化道，如结肠部位，大量的益生菌与益生元相结合，能产生协同作用。
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