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微生物制剂的种类主要包括以下几类:
乳酸菌制剂:乳酸菌是能够分解碳水化合物并产生乳酸为主要代谢产物的无芽孢的革兰氏阳性菌,厌氧或兼性厌氧生长。
芽孢杆菌制剂:芽孢杆菌属于需氧芽孢杆菌中的非致病菌,是以内孢子的形式零星存在于动物肠道的微生物群落。
酵母类制剂:此类制剂的微生物属于囊菌纲。目前常用的制品有两种,米曲霉及酿酒酵母培养物,它们是包括真菌及其培养物的制剂,多用在反刍动物中。
光合细菌制剂:光合细菌制剂(Photosynthetic Bacteria,PSB)是一类有光合作用能力的异养微生物,主要利用小分子有机物而非二氧化碳合成自身生长繁殖所需要的各种养分。
复合微生物制剂:EM(Effective Microorganism)是一种由光合细菌、放线菌、乳酸菌及发酵型丝状真菌等多种微生物培养而成的复合微生物制剂。
此外,还有其他类型的微生物制剂,如乳酸杆菌制剂、双歧杆菌制剂、粪肠球菌制剂、屎肠球菌制剂、大肠埃希菌制剂、芽胞杆菌制剂、棒状杆菌制剂等。