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微生物在饲料中的应用主要包括以下几个方面：
微生物蛋白饲料。微生物细胞富含蛋白质，一般细菌的干物质中含蛋白质50%～80%，酵母40%～60%。这些蛋白质和多种维生素可以作为饲料成分，利用廉价的工业下脚料和农业副产品生产微生物蛋白饲料，即单细胞蛋白（SCP）饲料。
改善肠道代谢。某些微生物能分泌多种消化酶，促进消化和营养的吸收。例如，杆菌能分泌消化酶，而酵母可以产生氨基酸，同时促进生产植酸酶。
发酵饲料。通过使用发酵菌种（如乳酸菌、酵母菌等）降解饲料中的复杂物质，释放出更易消化的营养成分，并生成有益物质，如有机酸、酶和维生素等。发酵饲料具有更好的口感、消化率和营养吸收效果。
提高饲料利用率。微生物可以分解饲料中的大分子物质，将其转化为更易于消化的营养物质，从而提高饲料的利用率，减少浪费。
改善肠道健康。微生物可以调节动物肠道内的菌群平衡，促进肠道微生物的发育和繁殖，从而改善肠道健康，减少疾病的发生。
提高免疫力。微生物可以刺激动物的免疫系统，增强其免疫力，使其更好地抵抗疾病和感染。
改善环境。微生物可以将饲料中的有机物质转化为无害的物质，减少对环境的污染。
此外，微生物饲料添加剂也属微生物饲料类，主要有酶制剂、真菌添加剂、维生素类、抗生素类、氨基酸类、活微生物等。
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