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微生态制剂正是通过调节宿主体内的微生态结构，使其在微生态平衡的系统下表现出最佳的生理状态和最快生长发育，具有最高的抗逆性。通过竞争作用调节宿主体内菌群结构其作用机理主要有以下方面。
1.分泌抑菌物质抑制病原菌增长，乳酸菌通过分泌细菌毒素、过氧化氢、有机酸(包括乳酸、乙酸、丙酸、丁酸等)等物质，使肠道环境pH下降，抑制有害病原微生物生长，产生的过氧化氢抑制病原菌的生长繁殖，使有益微生物在细菌种间相互竞争中占优势；与病原菌争夺营养或附着位点，抑制其他微生物的生长。将具有拮抗特性的微生态制剂施人养殖动物体中或添加到饲料中，杀死或抑制病原微生物，为养殖动物提供良好的生存环境；
2.防止有毒物质胺和氨的积累，保护机体不受毒害动物机体在受到某些应激因素的影响下，机体内动物肠道中微生态平衡失调，导致体内菌群比例失调，需氧菌增加，并使蛋白质分解产生胺、氨等有害物质，动物表现为病理状态。有些益生菌如某些乳酸杆菌、链球菌、芽孢杆菌等可以阻止毒性胺和氨的合成。多数好氧菌产生超氧化物歧化酶(SOD)可帮助动物消除氧自由基。有些微生态制剂中的益生微生物如芽孢杆菌在肠道内可产生氨基氧化酶及分解硫化物的酶类，从而降低血液及粪便中氨、吲哚等有害气体的浓度；
3.刺激免疫系统，提高免疫力。饲料添加剂中的微生态制剂是很好的免疫激活剂，能刺激动物产生干扰素，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，通过非特异性免疫调节因子等激发机体免疫功能。动物口服益生菌后，调整肠道菌群，使肠道微生态系统处于最佳的平衡状态，活化肠黏膜内的相关淋巴组织，使SLGA舭抗体分泌增强，提高免疫识别能力，并诱导T，B淋巴细胞和巨噬细胞等产生细胞因子，通过淋巴细胞再循环而活化全身免疫系统，从而增强机体的免疫系统；
4.对动物的生长有一定的促进作用，增强机体抵抗力作为饲料添加剂的微生态制剂，其菌体含有大量的营养物质，可为动物补充营养。光合细菌粗蛋白含量高达65％，还含有丰富的B族维生素、泛酸、生物素、与造血血红蛋白形成有关的叶酸、类胡萝卜素、钙、磷和多种微量元素、辅酶Q等。
一些微生物在发酵或代谢过程中产生促生长素之类的生理活性物质，产生各种酶类并提高动物的消化酶活性，有助于食物的消化吸收，促进生长发育。
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