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微生态制剂以其无毒害、无残留等优点，越来越受广大渔户的青睐，目前微生态制剂在水产养殖中主要有以下几点作用：
一、抑制病原菌，提高免疫力。微生态制剂能产生有益菌群，与致病菌间就生存和繁殖的空间、时间、定居部位以及营养素等展开竞争，抑制致病菌的生存、繁殖、定居以及附着。
二、提供营养，改善机体代谢。有益细菌和真菌可作饵料添加剂，随着它们在消化道内的繁衍，产生动物生长过程中必需的营养物质，如氨基酸、维生素、胆盐等。许多肠道有益菌具有较强的淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等，可提高饲料转化率。
三、改善水质。微生态制剂中的细菌、真菌和微藻是生物降解的主要成员，可清除有机废物，改善水体环境。其中研究最多，应用最广的是光合细菌。
任何事物都有两面性，因此为达到理想效果，在使用微生态制剂时必须注意以下几点：
一、科学掌握使用量。无论是活菌、死菌及代谢物对有害菌的抑制作用都是在达到足够量的情况下才能实现的，而产品的内的活菌一般都有部分会死亡，使得说明书上的使用量会打折扣，因此，在使用时，掌握合适的量十分重要。
二、使用有针对性。不能一有问题就盲目使用，在使用微生态制剂的同时要充分考虑到其作用对象以及目的，不同的生长阶段要区别对待，根据养殖种类应选择适宜的微生态制剂产品。
三、存贮条件也不可忽视。活菌制剂随着保存时间的延长，活菌数将逐渐减少。微生物产品一般要求冷藏，尤其是非孢子态微生物。
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