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真菌对于育苗生产的影响远大于养殖生产，在养殖生产中较为重要的真菌病为镰刀菌病。而在条件较差、水源不足、底部淤泥较多的池塘，寄生虫类的疾病往往多于正常养殖。研究认为，寄生虫病的发生，是养殖系统中水质恶劣和养殖对象体质较差，或存在某种潜伏性病害的佐证。
1、镰刀菌病
【病原】为镰刀菌。其菌丝呈分枝状，有分隔，生殖方法是形成大分子孢子、小分子孢子和厚膜孢子。大分子孢子呈镰刀形，故名为镰刀菌，有1~7个横隔。
【症状】镰刀菌寄生在鳃、头胸甲、附肢、体壁和眼球等处的组织内。其主要症状是被寄生处的组织有黑色素沉淀而呈黑色。镰刀菌寄生除了对组织造成严重破坏以外，还可产生真菌毒素，使宿主中毒。
【防治方法】
（1）预防措施：虾塘在放养前应彻底消毒；池水入池前尽可能经过砂滤。
（2）治疗方法：使用季铵盐络合碘进行水体消毒，以杀灭水体中的分生孢子和菌丝。但是，目前尚无有效办法处理对虾体内的镰刀菌及其分生孢子。
2、固着类纤毛虫病
【病原】由钟形虫、聚缩虫、单缩虫、累枝虫或壳吸管虫等寄生引起。
【症状】发病对虾的体表、附肢和鳃丝上形成一层灰黑色绒毛状物，可致使鳃部变黑/灰色，形成类似细菌感染引起的黑/灰鳃病，严重时鳃部肿胀。感染此病的对虾呼吸和蜕皮困难，早晨浮于水面，反应迟钝，不摄食，不蜕壳，生长停滞。底部腐殖质多，且老化的虾池易发生此病。
【防治措施】
（1）养殖过程注意池塘底质和水质的改良，多使用芽孢杆菌降解转化代谢产物，避免施肥过度，不使用未经发酵熟化的有机肥，发生藻类死亡要及时使用芽孢杆菌等有益菌降解转化，同时，尽快重新培养浮游微藻种群。
（2）对虾发生固着类纤毛虫病时，可以全池均匀泼洒“纤虫净”，隔天全池泼洒二氧化氯制剂，再隔2天后泼洒有益菌制剂；间隔10天后，再重复上述措施一次。在饲料中拌喂大蒜和中草药制剂，每天2次，连用3~5天。
3、微孢子虫病
【病原】病原体是寄生在虾体上的孢子虫，在国外文献上报告的有3属4种。引起我国对虾疾病的微孢子虫尚需进一步研究。
【症状】主要是感染横、纵肌，使肌肉变白混浊，不透明，失去弹性。因为病虾感染部位肌肉明显变白，所以此病也称之为“乳白病虾”或“棉花虾病”。
【防治方法】
此病尚无有效的治疗方法，主要是加强预防。虾池在放养前应彻底清淤和消毒，养殖过程发现受感染的病虾或病死的虾只时，立即捞出并销毁，防止被健康的虾吞食或腐败后微孢子虫的孢子散落在水中扩大传播，进而感染健康的对虾。
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